Lasa considera que las críticas a Skolae llegan de dos lados, por una parte «del sector mas fundamentalista católico de Navarra», que apuesta por un modelo educativo «basado en la segregación y en la desigualdad entre mujeres y hombres y el rechazo de cualquier orientación e identidad sexual que esté fuera del modelo tradicional», y por otra, «de los partidos que quieren dañar al gobierno, que o bien comulgan con los anteriores valores o quieren sacar un beneficio electoral mediante informaciones sesgadas y descontextualizadas».