También se ha referido al Tren de Alta Velocidad, una de las cuestiones que genera discusión en el seno de la cuatro fuerzas que apoyan el cambio en Nafarroa. En palabras de Santos "el Estado decide un modelo de tren sin contar con Navarra. Es necesario que decidamos si es lo mejor para nosotros" y ha añadido, en la misma linea, que “debemos tener claro que modelo de tren es el mejor y defenderlo en Madrid”. Además, también se ha referdio al caso de los jóvenes de Altsasu y ha afirmado que “separar a los 3 jóvenes añade dolor innecesario. Por muy mal que estuviera no es terrorismo y lo seguiremos denunciado”.